灭鼠方法很多，一般可分为物理学灭鼠、化学灭鼠、生物学灭鼠和生态学灭鼠。
1、环境灭鼠：老鼠需要水、食物以及隐蔽的栖息条件，才能生存和繁殖。因此，创造一个不适宜其生存的环境，就能使一个地方的鼠量大大下降，并能使灭鼠成果容易得到巩固。所以我们首先要搞好环境卫生、清除住宅周围的杂草、随意堆放的物品，经常清扫室内外卫生，各种用具杂物收拾整齐，衣箱、衣柜以及书籍、鞋帽等要经常检查，不使鼠类营巢。
断绝老鼠的食物：鼠的食物不仅包括人的食物，还包括饲料、垃圾、食品行业的下脚料、粪便等，这些东西要存放在加盖的而且没有缝隙的容器内，使老鼠得不到食物而被动地去吃投放的毒饵，以达到消灭老鼠的目的。
2、物理学灭鼠法：又称器械灭鼠法，应用较久，应用方式也较多。它不仅包括各种专用捕鼠器，如鼠夹、鼠笼，也包括压、卡、关、夹、翻、灌、挖、粘和枪击等。物理学灭鼠也讲究一定的的科学技术，如安放鼠笼（夹）要放在鼠洞口，应与鼠洞有一定距离，有时用些伪装，可以提高捕杀率；鼠笼上的诱饵要新鲜，应是鼠类爱吃的食物。一般第一个晚上老鼠不易上笼因有“新物反应”，二、三天后上笼率会提高。
3、化学灭鼠法：又称药物灭鼠法，是应用最广、效果最好的一种灭鼠方法。药物灭鼠又可分为肠毒物灭鼠和熏蒸灭鼠。作为灭鼠所用的肠道灭鼠药，主要是有机化合物，其次是无机化合物和野生植物及其提取物。胃肠道灭鼠药要求对鼠有较好的适口性，不会拒食，毒力适当。由它为主制成各种毒饵，效果好，用法简便，用量大。其次是毒水、毒粉、毒胶、毒沫等。熏蒸灭鼠，如磷化铝、氯化苦可用于仓库、轮船熏蒸灭鼠。
4、生物学灭鼠法：包括两个方面：一是利用天敌灭鼠，鼠类的天敌很多，主要是食肉目的小兽如黄鼬、野猫、家猫、狐等，鸟类中的猛禽如鹰、猫头鹰等，还有蛇类。因此保护这些鼠类天敌，对减少鼠害是有利的。
5、生态学灭鼠：也就是通过改良环境，包括防鼠建筑、断绝鼠粮、农田改造、搞好室内外环境卫生、清除鼠类隐蔽处所等，也就是控制、改造、破坏有利于鼠类生存的生活环境和条件，使鼠类不能在那些地方生存和繁衍。生态学灭鼠是综合鼠害防治中很重要的一环。